La filtration stérilisante de l’eau pour la régénération et la stérilisation des cartouches doit être de grade aussi efficace que la filtration finale du vin elle-même (dans la plupart des cas 0,65 µm). L’objectif de la filtration terminale sur membrane est de retenir quasiment tous les microorganismes, les bactéries. Pour les rinceuses de bouteilles, sur les recommandations de l’ISBT, l’eau doit être filtrée à 0,45 µm pour limiter tous risques de redéveloppement bactériologique jusqu’aux becs de rinçage.