El desarrollo de la tecnología PCR implica el uso de este aparato indispensable para la fiabilidad del diagnóstico. De hecho, la precisión de la temperatura a lo largo de todos los ciclos influye considerablemente en la reproductibilidad del análisis. Cada ciclo está formado por tres etapas con temperaturas diferentes en cada una
1. Desnaturalización: todas las cadenas de ADN se disocian a una temperatura elevada de 95°C, aproximadamente.
2. Hibridación de los cebadores en un fragmento de ADN entre 50 y 60ºC.
3. Extensión: síntesis de las cadenas a partir de los cebadores de hibridación a 72°C, aproximadamente.